Возможно, имелись в виду различия между модальными значениями наклонения, которые создаются формами наклонений (изъявительного, сослагательного, повелительного) в морфологии, и синтаксическими значениями, которые уточняют и расширяют эти модальные значения. 1

Некоторые отличия:

• Область применения: морфологическое наклонение присуще глаголу как части речи, а синтаксическое наклонение (объективная модальность) — только предложению. 4
• Количество форм: морфологических наклонений три, а синтаксических — шесть. 4
• Способ выражения: одна и та же морфологическая форма глагола может выражать разные морфологические наклонения, а одна и та же морфологическая форма может передавать разные синтаксические наклонения. 4
• Место приобретения модального значения: глагол приобретает конкретное модальное значение только в предложении. 4

Таким образом, наклонение глагола как морфологическая категория — понятие более узкое, чем синтаксическое наклонение, которое имеет своим ядром морфологическое наклонение, но к нему не сводится. 4