Методы окраски по Ожешко и Цилю-Нильсену отличаются целями и особенностями процесса окрашивания. 25

Метод Циля-Нильсена предназначен для дифференциации кислотоустойчивых бактерий от некислотоустойчивых. 5 Мазок окрашивают фуксином (красный) при нагревании, который легко фиксирует все микроорганизмы. 2 После обработки окрашенного фуксином мазка серной кислотой краска вымывается отовсюду, кроме клеточных стенок кислотоустойчивых бактерий. 2 Затем для контраста добавляют метиленовый синий. 2

Метод Ожешко подходит для окраски ещё и споровых форм. 2 В начале процесса добавляют серную кислоту, которая разрыхляет стенки спор и улучшает впитывание ими красителя. 2 Затем уже можно окрашивать клетки и дифференцировать кислотоустойчивые, как в методе Циля-Нильсена. 2

Таким образом, метод Ожешко ориентирован на выявление спор, а метод Циля-Нильсена — на определение кислотоустойчивых микроорганизмов. 25