Методы исследования грибов в микрологии и ботанике отличаются подходами к изучению этих организмов. 45

В микрологии исследуют структуру грибов на макроскопическом и микроскопическом уровнях, включая плодовые тела, мицелий, споры и другие структурные элементы. 4 Для этого используют микроскопический метод, при котором препараты грибов готовят и при необходимости окрашивают. 7 Также в микрологии применяют ультраструктурный подход, при котором при классификации грибов учитывают строение крист митохондрий, наличие сформированных диктиосом, строение жгутикового аппарата и порового аппарата септ. 5 Ещё один метод — хемотаксономия, в основе которой лежит знание различий биохимического состава грибов. 5 С 90-х годов XX века при построении систем используется молекулярная систематика, основанная на выяснении нуклеотидной последовательности определённых генов. 5

В ботанике изучают грибы в контексте их взаимодействия с окружающей средой и другими организмами, а также их роль в экосистемах. 45 Для этого применяют экологические методы, которые позволяют оценить влияние грибов на экосистему и их роль в ней. 9

Таким образом, методы исследования грибов в микрологии фокусируются на изучении их внутренних структур и процессов, а в ботанике — на изучении взаимодействий с окружающей средой и другими организмами.