Некоторые отличия компактизации ДНК у бактерий и архей:

• У бактерий хромосомальная ДНК имеет вид аморфной массы — нуклеоида, занимающего большую часть объёма в центре цитоплазмы. 5 Степень компактизации ДНК в нуклеоиде бактерий достигает 1000 крат. 48 Первый уровень компактизации обеспечивается гистоноподобными белками HU и H-NS, второй — отрицательной сверхспирализацией, которую обеспечивают SMC-белки и топоизомеразы. 1 Высший уровень компактизации представлен независимо сверхспирализованными петлями (доменами), на которые разделена бактериальная хромосома. 1
• У архей нить ДНК наматывается на комплекс гистонов, образуя плоские нуклеосомы. 9 Они укладываются друг на друга гибкой структурой, которая напоминает игрушку-пружину «слинки». 9 При необходимости доступа к тому или иному участку ДНК для чтения плоскости нуклеосом расходятся, высвобождая его, при этом не нарушая целостности всей структуры. 9 В отличие от бактерий, геномная ДНК архей характеризуется положительной сверхспирализацией. 1