Информационные системы базового уровня и уровня медицинских учреждений отличаются по назначению и функциям.

Информационные системы базового уровня предназначены для обеспечения принятия решений в профессиональной деятельности врачей различных специальностей. 13 Их основная цель — компьютерная поддержка работы врача-клинициста, гигиениста, лаборанта. 13 К таким системам относят, например, информационно-справочные системы, консультативно-диагностические системы, приборно-компьютерные системы и автоматизированные рабочие места специалистов. 25

Информационные системы уровня медицинских учреждений предназначены для использования в различных медицинских организациях. 2 В их составе предусмотрены модули консультирования врачей в ходе диагностики и лечения пациентов, базы данных по количеству и составу работников клиники, адресному перечню населения, их медицинским картам, системы скрининга и профилактики. 2 Информационные системы научно-исследовательских предприятий и профильных образовательных учреждений также входят в эту группу. 2

Таким образом, системы базового уровня фокусируются на поддержке работы отдельных специалистов, в то время как системы уровня учреждений охватывают автоматизацию различных видов деятельности учреждения в целом.