Хрящевые ганоиды отличаются от современных лучепёрых рыб рядом древних признаков: 1

• Скелет. 4 У хрящевых ганоидов он в значительной степени состоит из хряща, замещающие его окостенения развиты слабо. 4
• Хорда. 410 У хрящевых ганоидов сохраняется нерасчленённая хорда, тела позвонков отсутствуют. 410
• Чешуя. 14 У хрящевых ганоидов чешуя (ганоидная, ромбическая) сверху покрыта эмалеподобным веществом (ганоином). 1

В то время как современные лучепёрые рыбы отличаются строением парных конечностей: центральная ось конечностного скелета у них отсутствует, заменяясь множеством отдельных лучей, объединённых в плавник. 3 Ещё одна отличительная особенность этого класса — наличие плавательного пузыря. 3

Таким образом, основное отличие заключается в том, что хрящевые ганоиды сохранили ряд признаков, которых нет у остальных лучепёрых рыб: в скелете много хряща, у некоторых сохраняется хорда, тел позвонков нет, внутренняя черепная коробка хрящевая, нижняя челюсть состоит из множества окостенений. 1