Хрящекостные рыбы, двоякодышащие и кистепёрые отличаются по ряду признаков:

1. Хрящекостные рыбы имеют скелет преимущественно из хрящевой ткани, но в черепе имеются плоские кости. 4 Чешуйки сливаются и образуют 5 рядов крупных костных пластинок, которыми покрыто тело. 1 Хорда нерасчленённая, в кишечнике находится спиральный клапан. 1
2. Двоякодышащие обладают как жаберным, так и лёгочным дыханием. 13 Функцию лёгкого выполняет большой ячеистый плавательный пузырь. 3 Сердце с артериальным конусом, предсердие частично разделено на правую и левую части. 3
3. Кистепёрые имеют костный скелет и парные плавники, которые служат для опоры о дно и представляют собой мускулистые лопасти со скелетной осью, состоящей из нескольких кистеобразно разветвляющихся сегментов, подобных костям конечностей четвероногих позвоночных. 6