Хроматофоры разных видов водорослей отличаются по форме, числу в клетке, местоположению и внутреннему строению. 3 Некоторые примеры отличий:

• Форма. 34 Хроматофоры могут быть чашевидными, лентовидными, в виде незамкнутого кольца, спиральными, пластинчатыми, звёздчатыми, дисковидными и зерновидными. 34
• Оболочка. 23 У зелёных и красных водорослей она двумембранная, у пирофитовых и эвгленовых — трёхмембранная, у диатомовых, бурых, золотистых, жёлто-зелёных — четырёхмембранная. 3
• Расположение тилакоидов. 23 У красных водорослей они расположены поодиночке, у криптофитовых — сгруппированы по двое, у пирофитовых, эвгленовых, диатомовых, бурых, золотистых, жёлто-зелёных — по три, у зелёных водорослей их может быть от двух до двадцати. 3
• Запасные питательные вещества. 3 У разных групп водорослей они разные: у зелёных — крахмал, у бурых — полисахарид ламинарин, у красных — багрянковый крахмал, у эвгленовых — парамил, у хризомонад — липиды, у сине-зелёных — гликоген. 3

Хроматофоры часто используются в качестве таксономических признаков больших групп водорослей. 2