Гнёзда толстоклювой и тонкоклювой кайр отличаются по некоторым параметрам:

• Окраска оперения. 2 У тонкоклювой кайры переход от чёрного к белому на боках как бы смазан — на белой части присутствуют чёрные пятнышки. 2 У толстоклювых кайр этот переход резкий и без такого размытия. 2
• Выраженность белого клина на шее. 2 У толстоклювой кайры он сильнее выражен, в то время как у тонкоклювой — мало. 2
• Окраска клюва. 2 У толстоклювых кайр белая полоска на клюве толще, а сам клюв кажется короче, чем у тонкоклювых. 2

Кроме того, у толстоклювой кайры не бывает «очковой» морфы. 3