Эвгленовые водоросли отличаются от других групп водорослей по ряду признаков, среди которых:
  - Строение жгутикового аппарата.                                                                          web.archive.org                       Жгутики эвгленовых толще, чем жгутики других эукариотных водорослей, и покрыты рядом тонких волосков.                                                                          web.archive.org                       
- Организация хлоропласта и пигментных систем.                                                                          web.archive.org                       Эвгленовые содержат пигменты хлорофиллы а и b, но в темноте способны утрачивать их и переходить на гетеротрофное питание.                                                                          ido.tsu.ru                       
- Клеточные покровы.                                                                          web.archive.org                       У эвгленовых отсутствует клеточная стенка, её функции выполняет белковая пелликула.                                                                          ido.tsu.ru                       
- Продукты ассимиляции.                                                                          web.archive.org                       Эвгленовые отличаются дисковидными кристами митохондрий, продуктами ассимиляции и другими признаками.                                                                          web.archive.org                       
Кроме того, эвгленовые водоросли — одноклеточные подвижные организмы, форма их тела хорошо приспособлена к движению в воде.                                                                          dic.academic.ru                       У большинства видов она удлинённая, овальная, эллипсоидная и веретеновидная.                                                                          dic.academic.ru