Экзоферменты и эндоферменты отличаются по месту действия в контексте энергетического метаболизма бактерий: 23

• Экзоферменты действуют вне клетки. 23 Они принимают участие в процессе распада крупных молекул, которые не могут проникнуть внутрь бактериальной клетки. 2 Часть экзоферментов связана с питанием бактерий, так как они расщепляют питательные вещества до такой формы, которая способна усваиваться микробной клеткой. 4
• Эндоферменты действуют в самой клетке. 23 Они обеспечивают синтез и распад различных веществ. 2

Таким образом, экзоферменты отвечают за внешнее переваривание, то есть расщепляют белки, жиры и углеводы до простых молекул, которые поступают внутрь клетки и подвергаются в дальнейшем при необходимости воздействию эндоферментов. 4