Confirm, Warning и Error оповещения в JavaFX отличаются по своему назначению:

1. Confirmation. 15 Спрашивает у пользователя разрешение на продолжение действия. 1 Для этого в оповещении есть кнопки «ОК» и «Отмена». 2
2. Warning. 15 Предупреждает пользователя о каком-то факте или действии. 1 Предупреждение не мешает дальнейшему процессу, в отличие от ошибки. 1
3. Error. 15 Показывает пользователю, где что-то пошло не так или в чём ошибка в функциональности. 1

Таким образом, основное отличие в том, что Confirmation оповещает о необходимости подтверждения действия, Warning — о предупреждении, а Error — о ошибке. 15