Основное отличие цист размножения от цист покоя в их функциях и продолжительности существования. 13
Циста покоя образуется при неблагоприятных условиях (например, при пересыхании или промерзании водоёма). 13 Её оболочки толстые, студневидные или твёрдые, состоят из хитиноподобных веществ, иногда минерализуются. 23 Некоторые простейшие могут существовать в форме цисты покоя несколько лет. 12
Циста размножения образуется на короткий период, в течение которого её содержимое делится на несколько самостоятельных организмов. 12 Циста размножения имеет тонкую оболочку. 23
Таким образом, циста покоя служит для переживания неблагоприятных условий, а циста размножения — для размножения.