Цистерны комплекса Гольджи разных отделов клетки отличаются набором ферментов: 12

• В цис-отделе (ближнем к ядру) фермент — фосфогликозидаза, которая присоединяет фосфат к углеводу — маннозе. 12
• В медиальном отделе находятся два фермента: манназидаза (отщепляет маннозу) и N-ацетилглюкозаминтрансфераза (присоединяет определённые углеводы — гликозамины). 12
• В транс-отделе находятся ферменты пептидаза (осуществляет протеолиз) и трансфераза (осуществляет переброс химических групп). 12

Благодаря этому разные цистерны обеспечивают прогрессивную обработку транспортируемых белков по мере их перемещения к транс-отделу. 1