Цианобактерии и зелёные бактерии отличаются по типу фотосинтеза и другим характеристикам. 79

Цианобактерии осуществляют фотосинтез с выделением молекулярного кислорода (оксигенный фотосинтез). 10 Они обладают развитой системой внутриклеточных выпячиваний цитоплазматической мембраны — тилакоидов. 58

Зелёные бактерии осуществляют фотосинтез без выделения кислорода, используя его для своих нужд. 79 В качестве донора электронов, как правило, используют сульфиды, поэтому живут обычно в воде, содержащей сероводород. 7

Кроме того, зелёные бактерии неподвижны, в то время как цианобактерии могут быть одноклеточными, нитчатыми и колониальными. 58