Бинарные деревья отличаются от других структур данных, например списков и хеш-таблиц, следующим образом:

• Списки — это линейная структура данных, элементы в ней расположены последовательно, а операции выполняются путём перебора каждого из них. 1 Из-за этого скорость выполнения операций в списках ниже, чем в бинарных деревьях. 1
• Хеш-таблицы могут проводиться быстрее, чем бинарные деревья — со скоростью O(1) в лучшем случае. 1 Однако, в отличие от бинарных деревьев, хеш-таблицы не хранят данные упорядоченно. 1
• Кучи эффективны для быстрого извлечения элементов, но не позволяют сортировать их. 1

Кроме того, B-деревья в отличие от бинарных деревьев допускают большое число потомков для любого из узлов. 5 Благодаря ветвистости, В-деревья удобны для хранения крупных последовательных блоков данных, поэтому такая структура часто находит применение в базах данных и файловых системах. 5