Автономные образовательные учреждения отличаются от бюджетных и казённых по ряду параметров: 26

• Автономные учреждения обладают большей свободой в вопросах распоряжения имуществом и осуществления своей уставной деятельности. 6 Они самостоятельно распоряжаются заработанными средствами и имуществом, могут привлекать кредитные средства, самостоятельно планируют бюджет. 6 При каждом автономном учреждении создан наблюдательный совет, который даёт разрешение на крупные сделки и сделки с недвижимостью. 7
• Бюджетные учреждения получают государственное задание и выделяют субсидии на его выполнение. 7 Учреждения сами решают, на что потратить деньги субсидии. 7 Главное, чтобы эти траты помогали им достигать цели, ради которой они созданы. 7
• Казённые учреждения ограничены в проявлении какой-либо инициативы. 1 Они получают гарантированное финансирование своей деятельности из бюджета (по бюджетной смете). 1 Возможности казённого учреждения по распоряжению имуществом и денежными средствами ограничены, отсутствуют стимулы вести приносящую доход деятельность и получать доходы. 1

Кроме того, казённые учреждения в обязательном порядке ежегодно согласовывают своё штатное расписание и смету расходов с учредителем, а бюджетные и автономные учреждения имеют возможность формировать, корректировать, утверждать свои финансово-хозяйственные планы в соответствии с поступившими на лицевые счета средствами. 2