Запуск консольных приложений в Visual Studio и классических приложений Windows отличается по месту запуска. 1
Консольные приложения запускаются в окне терминала. 1 Классические приложения Windows начинаются в новом окне рабочего стола. 1
Кроме того, при интерактивном вызове из командной строки при запуске консольного приложения командная строка не возвращается до завершения работы приложения, а при запуске приложения Windows команда возвращается немедленно. 2