Задача spring-boot:repackage и maven:package имеют разные цели и результаты. 12

spring-boot:repackage создаёт исполняемые файлы JAR или WAR для приложений Spring Boot, включая не только скомпилированный код приложения, но и все зависимости, необходимые для запуска приложения. 1

maven:package компилирует код проекта и упаковывает его в файл JAR или WAR. 1 На этой фазе Maven компилирует исходный код проекта, обрабатывает ресурсы и упаковывает скомпилированный код и ресурсы в распространяемый формат. 1

Таким образом, основное отличие в том, что spring-boot:repackage создаёт исполняемый артефакт, а maven:package — стандартный архив, для которого зависимости нужно предоставлять отдельно во время выполнения. 1