Таксон и филогенетическая группа отличаются по смыслу и целям.

Таксон — это группа организмов, связанных той или иной степенью родства и достаточно обособленная, чтобы ей можно было присвоить определённую таксономическую категорию того или иного ранга (вид, род, семейство и т. д.). 1 Таксоны характеризуются некоторой устойчивостью во времени и пространстве до наступления критического для каждого конкретного таксона периода в его истории. 4

Филогенетическая группа — это объект исследования филогенетики, которая занимается идентификацией и прояснением эволюционных взаимоотношений среди разных видов жизни на Земле, как современных, так и вымерших. 1 Филогенетические группы не зависят от того, сходны ли организмы по физическим чертам, а зависят от их эволюционных взаимоотношений. 3

Таким образом, таксон фокусируется на классификации и обособлении групп организмов, в то время как филогенетическая группа ориентирована на изучение эволюционных связей между различными видами.