Структурная модель системы и модель «чёрного ящика» отличаются по характеру отображения системы.

Модель «чёрного ящика» описывает общее представление системы и создаётся на начальном этапе моделирования. 5 В такой модели неизвестны структура и внутренние процессы, внешнему наблюдателю доступны лишь входные и выходные величины. 1 Название модели подчёркивает полное отсутствие сведений о внутреннем содержании системы. 14

Структурная модель системы, в свою очередь, отображает связи между компонентами системы, то есть представляет собой совокупность связанных между собой моделей «чёрного ящика» для каждой из частей системы. 1

Таким образом, модель «чёрного ящика» фокусируется на внешних свойствах системы, а структурная модель системы — на её внутреннем устройстве и связях между элементами.