Строение ядра у протистов динофлагеллят отличается от других эукариотических клеток тем, что хромосомы динофлагеллят конденсированы на протяжении всего клеточного цикла (в том числе и в интерфазе) и практически лишены гистонов. 4 Такой тип ядра получил название динокарион. 4

В отличие от прочих эукариот, у которых хромосомы конденсируются только при митозе, а в интерфазе, когда идёт активная транскрипция, степень конденсации значительно ниже. 3

Ещё одной отличительной особенностью динофлагеллят, не встречающейся среди других эукариот, является частичное замещение тимина в их ядерной ДНК другим азотистым основанием — 5-гидроксиметилурацилом. 3