Строение скелета двоякодышащих рыб отличается от остальных видов тем, что он костно-хрящевой. 1 При этом скелет по преимуществу хрящевой, имеет лишь центральную ось, а слаборазвитый позвоночник представлен зачатками позвоночных дуг. 5 Хорда с возрастом не исчезает. 5

У остальных рыб хорда имеется на ранних этапах развития, а у взрослых заменяется позвоночником, состоящим из позвонков. 4

Ещё одна особенность — удвоенное тело с мясистыми парными грудными и брюшными плавниками и единственным непарным хвостовым плавником, заменяющим спинной, хвостовой и анальный плавники большинства рыб. 8

Также у двоякодышащих рыб верхняя челюсть сращена с черепом, а зубы обычно в виде массивных пластин. 7