Сравнительная фонетика и историческая фонетика отличаются предметом изучения.
Сравнительная фонетика (сопоставительная, типологическая) изучает сходства и различия в звуковых подсистемах двух или нескольких языков. 12 Она устанавливает специфику звуковой стороны разных языков, в том числе по составу звуков, их распределению в потоке речи, возможностям звуковых сочетаний и изменениям. 1
Историческая фонетика прослеживает развитие звукового строя языка на протяжении длительного периода времени (иногда с момента появления данного языка). 45 Её задача — выявить изменения, которые происходили со звуковыми единицами в течение определённого промежутка времени. 2
Таким образом, сравнительная фонетика фокусируется на сравнении языков, а историческая — на изучении становления звуковой системы языка.