Сайт-специфическая рекомбинация и негомологичная рекомбинация имеют свои особенности и отличия.

Сайт-специфическая рекомбинация происходит между специфическими сегментами дуплексов ДНК, не имеющими протяжённых гомологичных участков. 5 В процессе участвуют короткие (до 25 нуклеотидов) фрагменты ДНК, которые могут быть как только в одной из рекомбинирующих ДНК, так и в обеих. 1

Негомологичная рекомбинация — это рекомбинация между негомологичными нуклеотидными последовательностями. 5 Например, к ней относится процесс случайного встраивания вирусной или плазмидной ДНК в ДНК клеток животных. 5 Концы разорванной ДНК могут соединиться, даже если они негомологичны. 5

Таким образом, основное отличие в том, что при сайт-специфической рекомбинации главную роль играет взаимное узнавание белков, связанных с рекомбинационными сайтами, а при негомологичной рекомбинации молекулы ДНК узнают друг друга путём прямого сопоставления их последовательностей. 1