Пространственная организация ДНК в бактериях и эукариотических клетках отличается:

• В бактериях ДНК обычно представляет собой единственную кольцевую хромосому, расположенную в нуклеоидной области клетки. 1 Она компактна и упакована с участием многочисленных белков, ассоциированных с нуклеоидом. 3
• В эукариотических клетках ДНК состоит из нескольких линейных хромосом, которые размещены внутри связанного с мембраной ядра и окружены гистоновыми белками для создания хроматина. 15

Кроме того, геномы прокариот более компактны и имеют большую плотность генов, чем геномы эукариот, которые больше по размеру и содержат больше некодирующих участков, таких как регуляторные последовательности и интроны. 1