Процесс зарастания стоячих водоёмов и проточных озёр имеет некоторые отличия:
Для стоячих водоёмов характерно постоянное накопление вещества, что со временем приводит к заболачиванию и превращению в наземные экосистемы. 2 В небольших озёрах этот процесс идёт относительно быстро — за первые сотни лет. 2 В наиболее крупных — его полное прохождение возможно лишь в масштабах геологического времени, при условии отсутствия потивонаправленных геологических процессов. 2
В проточных водоёмах дефицит кислорода крайне редок. 2
Также развитие водной растительности в разных типах водоёмов зависит от различных факторов, в том числе от гидрологических особенностей, размеров и морфометрии котловины, химического состава вод, породного состава и распределения донных отложений. 4