Преобразование файла Java в JAR и в EXE отличается по своим целям и результатам:

1. Преобразование в JAR создаёт заархивированный файл, содержащий скомпилированный код в виде .class файлов, а также опционально разного рода ресурсы (картинки, тексты для интернационализации, конфигурационные файлы и т. д.). 2 JAR-файл — это готовая программа для пользователя, которую можно запустить без среды разработки. 2 Для этого нужно, чтобы на компьютере стояла среда выполнения JRE. 2
2. Преобразование в EXE создаёт исполняемый файл для платформы Windows. 2 Это может быть полезно, например, если программа должна работать на компьютерах без установленной Java или если требуется, чтобы программа имела свой уникальный значок на рабочем столе. 1

Таким образом, основное отличие в том, что JAR-файл ориентирован на запуск в разных платформах, в то время как EXE-файл предназначен для конкретной платформы, для которой был создан (например, Microsoft Windows, Linux или Apple macOS). 410