Некоторые отличия в поддержании баланса между природным водоёмом и аквариумом:

• Размер и открытость. 4 Природный водоём гораздо больше и открыт, в то время как аквариум — ограниченное пространство. 4 Чем больше водоём, тем сложнее нарушить в нём равновесие, например, вредными выбросами. 1 В аквариуме же даже небольшое изменение условий может привести к катастрофе из-за замкнутости и искусственности экосистемы. 2
• Контроль условий. 4 В природном водоёме условия регулируются естественным образом. 4 В аквариуме же человек контролирует условия (температура, pH, освещение). 4
• Видовое разнообразие. 24 Естественный водоём обычно отличается более высоким разнообразием видов и сложными взаимодействиями между ними. 4 Аквариум, как правило, беднее видовым разнообразием, что делает его организацию неустойчивой. 2
• Роль растений. 1 В природных водоёмах на первом месте стоят микроскопические плавающие водоросли. 1 В аквариуме же на первом месте по значимости стоят высшие водные растения. 1

При этом у аквариума и природного водоёма есть и сходства: в обеих экосистемах содержатся водные растения и животные, происходят процессы фотосинтеза и дыхания, а пищевая цепь начинается с растений и заканчивается хищниками. 4