Орфография, синтаксис и пунктуация изучают разные аспекты языка. 24

Орфография — раздел науки о языке, в котором изучается правописание слов и их значимых частей. 1 Это исторически сложившаяся система единообразного написания слов в письменной речи. 4

Синтаксис — раздел науки о языке, изучающий словосочетание и предложение, их строение, значение и роль в речи. 1

Пунктуация — раздел науки о языке, в котором изучаются знаки препинания, правила их постановки и употребления. 4 Знаки препинания в письменной речи указывают на паузы, которые человек делает в устной речи. 4

Таким образом, основное отличие в том, что орфография занимается правилами написания слов, синтаксис — правилами построения словосочетаний и предложений, а пунктуация — правилами расстановки знаков препинания в предложении 247.