Оборудование и оснащение микробиологических лабораторий разных уровней специализации отличается в зависимости от целей и объектов исследования. 1

В небольших учреждениях обычно используют стандартный список оборудования: микроскопы, дистилляторы, весы, приборы для фильтрации, холодильники, сушильные шкафы, бактериологические фильтры, лабораторную посуду и расходные материалы. 34

В крупных лабораториях, где выполняются серьёзные анализы, используют более сложное аналитическое оборудование. 34 Оно позволяет проводить непростые исследования и решать узкоспециализированные задачи. 34 Некоторые виды такого оборудования:

• Автоматические анализаторы и компьютеризированные системы оценивания получаемых данных. 2
• Хроматографическое оборудование (высокоэффективные жидкостные хроматографы, газовые хроматографы, системы капиллярного электрофореза и т. д.). 2
• Спектральное оборудование (инфракрасные анализаторы, УФ-спектрофотометры, спектрофотометры, спектрофлуориметры, инфракрасные фурье-спектрофотометры). 2
• Аппаратура для проведения ПЦР (штативы, стрипы, луночные планшеты, термоциклеры). 2

Также в лабораториях, где необходимо выращивать культуры, предусматривают место для обустройства помещения с центрифугами, термостатами, автоклавами и другими аппаратами. 34