Основное отличие настольной версии QGIS (QGIS Desktop) от серверной (QGIS Server) заключается в их назначении и использовании: 12

• QGIS Desktop — настольная геоинформационная система для создания, редактирования, визуализации, анализа и публикации геопространственной информации. 1
• QGIS Server и QGIS Web Client — серверные приложения для публикации в сети проектов, созданных в QGIS Desktop, через сервисы, совместимые с OGC-стандартами (например, WMS и WFS). 1

Таким образом, QGIS Desktop используется для работы с пространственными данными на компьютере, а QGIS Server — для публикации данных в Интернете, работы совместно с веб-сервером для распространения данных. 2