Методологический натурализм и онтологический натурализм имеют свои особенности и отличия.

Методологический натурализм — доктрина, согласно которой все познавательно релевантные методы теоретического исследования являются методами гипотетически завершённых естественных наук (или сводятся к ним). 24 Он предполагает, что методы гипотетически завершённых эмпирических наук — единственные релевантные методы приобретения теоретического знания. 2 Это значит, что все теоретические дисциплины, включая философию, должны следовать методам естественных наук. 2

Онтологический натурализм связан с подходом к содержанию реальности. 6 Утверждается, что в реальности нет места для «сверхъестественных» феноменов. 6 По мнению представителей онтологического натурализма, все пространственно-временные объекты идентичны в своих существенных свойствах и метафизически образованы физическими субъектами. 9 Эти объекты являются объектами изучения естественных наук. 9