Линейная схема построения модульной программы предполагает последовательное изучение модулей в установленном объёме и в определённые сроки, нацеленное на достижение определённого результата. 12

Нелинейная схема отличается тем, что составляющие модули приблизительно равноценны, вносят независимый вклад в образовательный результат, их можно изучать параллельно. 12 Последовательность изучения жёстко не задана, и обучающиеся имеют возможность индивидуально планировать последовательность изучаемых модулей (например, через индивидуальный учебный план). 1

Таким образом, основное отличие в том, что при линейной схеме модули изучаются строго последовательно, а при нелинейной — составляющие модули можно изучать параллельно, при этом их последовательность жёстко не задана.