Лимнология отличается от других наук, изучающих водоёмы, тем, что она фокусируется на физических, химических и биологических характеристиках озёр и других пресных водоёмов, в том числе и водохранилищ. 12
В то время как гидрология в целом изучает природные воды и происходящие в них явления и процессы, включая океаны, моря, реки, озёра, водохранилища, болота, почвенные и подземные воды. 4
Некоторые другие науки, изучающие водоёмы:
Таким образом, лимнология отличается от этих наук тем, что изучает конкретные аспекты внутренних водоёмов, в то время как другие науки изучают более общие процессы и объекты в гидросфере.