Кладистическая номенклатура и традиционная линнеевская имеют свои особенности и отличия.

Традиционная линнеевская номенклатура предполагает обозначение видов двухсловными названиями (биноменами) на латыни, состоящими из сочетания имени рода и имени вида (согласно терминологии, принятой в зоологической номенклатуре) или имени рода и видового эпитета (согласно ботанической терминологии). 2 Такая система устранила путаницу в названиях видов и упростила их разработку, а благодаря использованию единого универсального языка — латыни — учёные из разных стран смогли легко понимать друг друга. 5

Кладистическая номенклатура отличается подходом к классификации организмов: в ней они группируются на основе порядка их отделения от эволюционного дерева, несмотря на морфологическое сходство. 3 Результатом кладистического анализа являются специальные диаграммы — кладограммы, которые отражают гипотетические филогенетические связи. 3

Таким образом, основное отличие в том, что в традиционной линнеевской номенклатуре акцент делается на иерархической структуре названий и соподчинении таксономических категорий, а в кладистической — на учёте родственных отношений между таксонами и использовании кладограмм для отображения гипотетических филогенетических связей 239.