С точки зрения генетики калибрахоа и петуния отличаются количеством хромосом: у петунии их 14, у калибрахоа — 18. 45

Некоторые отличия с точки зрения ботаники:

• Размер цветков: у петунии они относительно крупные и радиально-симметричные, у калибрахоа — мельче, часто двусторонне-симметричные. 4
• Листва: у петунии есть клейкие желёзки, лист немного липкий наощупь, у калибрахоа могут быть волоски, но они не клейкие. 4
• Стебель: у петунии стебель травянистый, у калибрахоа — сильнее одревесневает и ветвится, образуя очень длинные ампельные побеги. 5
• Холодостойкость: калибрахоа немного более холодостойка, но минусовых температур растение не перенесёт. 9
• Высота куста: у калибрахоа — от 20 до 40 сантиметров, у петунии — от 20 до 70. 9
• Окраска: в палитре калибрахоа больше жёлто-оранжево-коричневой гаммы, сортов петунии с такой расцветкой немного. 9