Хемотаксономия отличается от других методов классификации микроорганизмов тем, что в её основе лежит сравнительный анализ свойств фенотипа биохимическими методами. 1

Некоторые другие методы классификации:

• Нумерическая таксономия. 14 Признаёт равноценность всех признаков. 4 Видовая принадлежность устанавливается по числу совпадающих признаков. 34
• Серотаксономия. 34 Изучает антигены бактерий с помощью реакций с иммунными сыворотками. 3 Метод часто применяется в медицинской бактериологии. 34
• Геносистематика. 1 Основана на изучении нуклеотидного состава ДНК организма. 1 Позволяет определить не только сходство, но и степень родства исследуемых организмов. 1
• Филогенетическая таксономия. 1 Основана на принципе учёта исторического развития мира и эволюционных преобразований. 1 Взаимоотношения организмов изображают графически в виде филогенетических деревьев. 1

Хемотаксономия особенно полезна для идентификации групп прокариотных организмов, у которых морфологические и физиологические характеристики широко варьируются и недостаточны для проведения удовлетворительной идентификации. 5