«Had been watching» и «watched» — формы глагола watch в разных временных категориях. 25
Had been watching — форма прошедшего совершенного длительного времени (Past Perfect Continuous). 25 Она описывает действие, которое началось в прошлом и продолжалось до определённого момента в прошлом. 3 Пример: «We put the music video we had been watching on pause» — «Мы поставили музыкальное видео, которое смотрели, на паузу». 3
Watched — форма простого прошедшего времени (Past Simple). 2
Таким образом, основное отличие в том, что первая форма указывает на длительное действие, а вторая — на завершённое.