Основные отличия государственного бюджетного профессионального учебного заведения от автономного учреждения:

1. Бюджетные учреждения более жёстко связаны с соответствующим уровнем бюджета. 2 Им могут выдавать государственное задание и выделять субсидии на его выполнение. 5 Учреждения сами решают, на что потратить деньги субсидии. 5 Главное, чтобы эти траты помогали им достигать цели, ради которой они созданы. 5
2. Автономные учреждения похожи на бюджетные: могут сами зарабатывать, сами тратят и сами отвечают по своим долгам. 5 Но в отличие от бюджетных учреждений они не должны согласовывать свои действия с государственным или муниципальным органом. 5 При каждом из них создан наблюдательный совет, который и даёт разрешение на крупные сделки и сделки с недвижимостью. 5
3. Бюджетное учреждение отвечает по своим обязательствам только в объёме денежных средств, находящихся в его распоряжении. 2 Автономное учреждение отвечает всем своим имуществом, за исключением недвижимого, особо ценного движимого имущества, закреплённого за ним либо приобретённого за счёт средств собственника. 2 Собственник имущества автономного учреждения не несёт гражданско-правовую ответственность по обязательствам автономного учреждения, несмотря на то что является учредителем. 2