Основные отличия фотосистемы I от фотосистемы II:

• Функция: фотосистема I осуществляет поглощение кванта света и использование энергии возбуждения для трансмембранного переноса электронов от пластоцианина к ферредоксину и последующего восстановления никотинамидадениндинуклеотидфосфата (НАДФ) от НАДФ+ до НАДФН. 610 Фотосистема II создаёт сильный окислительный потенциал, необходимый для светозависимого окисления молекул воды, а также преобразует энергию света в электрохимическую потенциальную энергию, которая используется АТФ-синтазой для фосфорилирования аденозиндифосфата до аденозинтрифосфата. 67
• Строение: фотосистема I симметрична, то есть в ней работают две ветви электронного транспорта, что делает его значительно более быстрым, в то время как фотосистема II асимметрична и обладает только одной рабочей ветвью, что замедляет транспорт электронов, но делает его более управляемым. 9
• Строение антенн: фотосистема I обладает интегральной антенной, хлорофиллы которой расположены непосредственно на главных белках комплекса — А и B, в то время как у фотосистемы II они вынесены на внешние белки CP47 и CP43. 9