Формат GFF (General Feature Format) отличается от других форматов аннотированных биологических данных, например BED, тем, что использует обозначение с закрытыми интервалами на основе 1, в то время как BED применяет обозначение с полуоткрытыми интервалами на основе 0. 1

Также есть некоторые другие особенности формата GFF:

• Структура файла. 4 Для каждого признака генома отводится одна строка, каждая строка содержит 9 полей, разделённых знаком табуляции, а всей области данных предшествует область комментариев. 4
• Гибкость. 1 Формат предоставляет теги, которые связывают отдельные строки через отношения «один ко многим» (например, ген–экзон). 1
• Применение. 2 GFF используется для широкого спектра задач аннотации генома, включая картирование генома, аннотацию и сравнительную геномику. 2
• Иерархические возможности. 5 В формате GFF3 предусмотрена многоуровневая иерархия признаков, допускается одновременная принадлежность одного и того же признака разным группам. 4