Флексия и интерфикс отличаются функциями в морфологии русского языка.
Флексия (окончание) — изменяемая часть слова, которая служит для связи слов в словосочетании и предложении. 2 Флексии выражают грамматическое значение рода, числа, падежа и лица. 14 Примеры: окно (окончание существительного в форме среднего рода, единственного числа, именительного (винительного) падежа), живут (окончание глагола в форме I спряжения, 3-го лица, множественного числа, настоящего (будущего) времени), весёлый (окончание прилагательного в форме единственного числа, мужского рода, именительного падежа). 2
Интерфикс (соединительная гласная) — словообразующий аффикс, который выполняет в слове функцию соединительного элемента. 2 Интерфиксы указывают на связь соединяемых ими простых основ и лишены отдельного значения. 13 Примеры: пароход, овощерезка. 2
Таким образом, флексия выполняет формообразующую функцию, а интерфикс — соединительную.