Физиология высшей нервной деятельности отличается от низшей нервной деятельности по предмету изучения и механизмам работы. 24

Высшая нервная деятельность изучает нервные механизмы сложного поведения животных и мыслительной активности человека, относящиеся к их психической деятельности. 14 В основе высшей нервной деятельности лежит работа больших полушарий мозга, которая обеспечивает сложные взаимоотношения организма с окружающей средой. 2

Низшая нервная деятельность в основном строится на механизмах стволового и спинного отделов мозга, которые осуществляют интеграцию частей организма и рефлекторную регуляцию внутренних органов. 2

Ещё несколько отличий:

• Рефлексы: в основе высшей нервной деятельности лежат условные и безусловные рефлексы. 12 Низшая нервная деятельность осуществляется по принципу не условных, а безусловных рефлексов. 45
• Цель: благодаря высшей нервной деятельности обеспечиваются нормальные взаимодействия организма и внешнего мира. 45 Благодаря низшей нервной деятельности осуществляется регуляция работы внутренних органов и обеспечивается существование организма как единого целого. 45