Фитобентос и зообентос отличаются по типу организмов, которые их составляют.

Фитобентос — растительный компонент бентоса, представлен водорослями (зелёными, бурыми, красными) и высшими водными растениями (например, рдестами, кувшинками, рогозом, тростником). 12

Зообентос — животный компонент бентоса, включает различных животных, которые обитают на дне водоёмов. 15 Среди них есть свободно передвигающиеся по дну (морские звёзды, крабы), то всплывающие, то лежащие на дне (камбалы, скаты), малоподвижные (моллюски, хитоны, гребешки, блюдечки) и другие. 5

Таким образом, фитобентос представлен растениями, а зообентос — животными.