Электронная микроскопия отличается от других видов микроскопии, в частности от оптической (световой), по следующим параметрам: 12

• Источник излучения. 1 Оптические микроскопы используют видимый свет для освещения образца, а электронные — поток электронов. 1
• Увеличение и разрешение. 1 Разрешающая способность светового микроскопа составляет порядка нескольких сотен нанометров, а его увеличение не превышает 1000–2000 крат. 1 В то же время электронные микроскопы способны достигать увеличений вплоть до нескольких миллионов крат, что даёт более высокую разрешающую способность, до нескольких ангстрем. 1
• Толщина образцов. 1 Для оптических микроскопов она зависит от оптических свойств исследуемого материала. 1 Для электронных же образцов характерна меньшая толщина — от 20 до 200 нм. 1
• Сложность подготовки. 1 Оптические микроскопы позволяют исследовать образцы в их естественной форме или после минимальной подготовки. 1 Для электронных же требуется более сложная подготовка, включая создание тонких срезов или покрытие образца тонким слоем металла для улучшения проводимости. 1
• Применимость. 1 Оптические микроскопы обычно используются для изучения биологических образцов, тканей, а также организмов. 1 Электронные же нацелены на исследования нематериальных структур, таких как клетки, атомы, молекулы, кристаллы, поверхности материалов, а также других микроскопических деталей. 1
• Стоимость и сложность. 1 Электронные микроскопы обычно более дорогие в приобретении и эксплуатации, а также требуют специализированной подготовки и профессионального обслуживания. 1 Оптические микроскопы более дёшевы и просты в использовании. 1