Дыхательная система пресноводных двустворчатых и морских отличается некоторыми особенностями:

• У пресноводных видов при высыхании раковина раскрывается кзади, при этом края мантии подвергаются воздействию воздуха, что позволяет осуществлять газообмен с атмосферным воздухом. 2
• У морских двустворчатых с перегородчатожаберными (Septibranchia) жабры редуцированы и преобразованы в жаберную перегородку с порами. 14 Перегородка отгораживает верхнюю часть мантийной полости, образуя дыхательную полость, стенки которой пронизаны кровеносными сосудами, где и происходит газообмен. 14
• У видов, лишённых жабр (например, у представителей подкласса Anomalodesmata), газообмен идёт через стенку мантийной полости. 14