Дыхательная система наземных и водных хелицеровых отличается органами дыхания:

• Водные хелицеровые дышат жабрами, которые расположены на брюшных ножках. 5 Через тонкие стенки жабр растворённый в воде кислород проникает в кровь. 4
• Наземные хелицеровые имеют лёгкие или трахеи в качестве органов дыхания. 15 У некоторых мелких форм — кожное дыхание. 5

Таким образом, дыхательная система водных хелицеровых приспособлена к жизни в водной среде, а наземных — к жизни на суше, где необходимы специальные органы дыхания для защиты от высыхания. 14