Основные отличия деятельности автономной школы от казённой:

1. Автономная школа имеет большую финансово-хозяйственную и имущественную самостоятельность по сравнению с казённой. 7 Она вправе самостоятельно распоряжаться денежными средствами, брать кредиты в банковских учреждениях, участвовать в финансовых операциях. 47 Доходы автономного учреждения остаются в его самостоятельном распоряжении и используются для достижения целей, ради которых оно создано. 7

2. Казённая школа максимально ограничена в проявлении какой-либо инициативы. 1 Её возможности по распоряжению имуществом и денежными средствами ограничены, отсутствуют стимулы вести приносящую доход деятельность и получать доходы. 1 Если казённая школа осуществляет какую-либо деятельность, приносящую доходы, то эти доходы поступают в соответствующий бюджет бюджетной системы РФ. 6

Кроме того, казённые учреждения в обязательном порядке ежегодно согласовывают своё штатное расписание и смету расходов с учредителем, а автономные имеют возможность формировать, корректировать и утверждать свои финансово-хозяйственные планы в соответствии с поступившими на лицевые счета средствами. 5