Декомпиляция 32-битных и 64-битных приложений в IDA отличается тем, что для каждого типа приложений нужна своя версия программы. 12
Для 32-битных приложений (например, x86) подходит 32-битная версия IDA (ida32). 1
Для 64-битных приложений (например, x64) нужна 64-битная версия IDA (ida64). 12
Если попробовать декомпилировать 32-битное приложение в 64-битной версии IDA, то при нажатии кнопки F5 появится предупреждение. 25
Таким образом, разница заключается в том, что для разных типов приложений необходимы соответствующие версии программы. 12